En el interior del Museo Santuarios Andinos de la Universidad Católica de Santa María de Arequipa, la atracción principal es la Dama de Ampato, una momia prehistórica famosa en el mundo por ser la mejor conservada, conocida popularmente como Juanita, una niña de entre 12 y 14 años que dicen habría sido sacrificada para honrar al nevado Ampato, una montaña sagrada. Fue hallada justamente en el Ampato a 6.288 metros de altura en septiembre de 1995 por los investigadores José Antonio, Miguel Zárate y Johan Reinhard.
El Museo Arqueológico de la Universidad Nacional San Agustín de la ciudad de Arequipa, muestra una exhibición arqueológica que va desde la época del Pre cerámico, pasando por los Horizontes Temprano, Medio y Tardío, mostrando objetos líticos, cerámica Nazca, Tiahunaku, Wari, Chiribaya, Churajón, Chuquibamba, Inca, Textilería Nazca, Wari, Inca, Mantos Plumario, Restos Oseos de Sacrificios Humanos de la Epoca Inca, Objetos de oro y plata de las épocas: Inca y colonial, maquetas y paneles. Estos productos se ofrecen periódicamente a la comunidad Universitaria y al público en general.
El Palacio de Goyeneche se encuentra ubicado en la calle de la Merced, en la ciudad de Arequipa. Fue reconstruido a fines del siglo XVIII debido a un fuerte sismo que acabo con algunas instalaciones del Palacio. Originalmente el Palacio fue construido a pedido de Martín de Almazán, sin embargo, en un par de años, vendría un sismo. Luego de éste, el diseño de la reconstrucción del Palacio se encontró a cargo de Gaspar Báez cuando el palacio ya pertenecía a Castilla y Herrera. Finalmente la última reconstrucción del Palacio se realizó en 1840 a cargo del arquitecto Lucas Poblete quien realizo algunos detalles tanto internos como externos que hasta hoy se mantienen muy bien.
La Casa Tristán del Pozo es uno de los mejores exponentes de la construcción colonial en la ciudad y la mejor muestra de la arquitectura civil novohispana de la ciudad de Arequipa, que data del año 1738. Situada sobre la calle San Francisco, esta edificación presenta una magnífica portada con un increíble puerta maciza y decorada con aldabones y clavos de hierro, mientras que sus espaciosos patios interiores se encuentran exquisitamente decorados con tallas diversas.
La Casa del Moral es una casona que constituye una de las construcciones que mejor refleja el estilo arquitectónico barroco arequipeño y se sitúa entre las calles Moral y Bolívar. Su nombre tiene como origen un antiguo árbol de moras que puede aún hoy verse en el centro del patio y su edificación data del siglo XVIII.
La Plaza de Armas (Plaza Mayor) de Arequipa se encuentra en pleno corazón histórico de la ciudad.